J'ai exactement le même problème avec fastmame + Easymame en front end.
Je lance un jeu, je configure les touches je ressors :
Fastmame a bien changé default.cfg et rom.cfg avec les nouvelle touches.
(Donc les répertoires sont bien configrés !)
MAIS
Si je relance à nouveau le jeu, defaut.cfg et rom.cfg ne sont pas lus.. Et quand on ressors, on se retrouve avec les cfg d'origine !!

(J'ai beau cocher décocher "Lire les cfg" dans easymame ca change rien.)