Juste pour le fun, réponse version bash Linux : 

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find rep_source -type f -exec cp {} rep_cible \;
- "find" parcourt une arborescence
- l'option "-type f" indique qu'on ne cherche que des fichiers
- l'option "-exec" lance une commande (ici "cp"), où le nom du fichier en cours est utilisable par "{}", et qui se termine par un point-virgule (précédé d'un backslash pour éviter qu'il ne soit interprété par le shell)
