Ton hypothèse est plausible.
Je n'ai pas eu de problèmes avec mon alim ou un fusible  , ceci dit je vais attendre sagement les conclusions de sboillon 

Après avoir récupéré le datasheet du TC4066BP, je constate que la masse du composant (VSS) est reliée à la borne rouge de droite de ma petite prise 3 broches (cf photo plus haut).
N'ayant pas fait contact lors de mes essais entre la borne jaune (+12) et la borne rouge de droite (masse) il n'y a donc pas de raison qu'un fusible saute ou que mon alim souffre. 

Hello,
J'ai finalement eu le temps de jeter un oeil à tes photos.

Comme déduit jusqu'à maintenant, les broches sont bien de gauche à droite +12, sélection, masse (par rapport à ta photo côté composants).
La sélection d'une PCB à une autre se fait bien par une impulsion entre les deux broches de droite.

Semblent seulement switchés par ton convertisseur:
- les signaux vidéo (5 broches, RVB,masse, synchro)
- le son (2 broches)
- le coin 1 (1 broche)

Les boutons Start semblent rester en commun pour les deux PCB, ce qui reste logique puisque le coin1 est switché et qu'une seule PCB devrait recevoir des crédits.

Les contrôles (haut, bas, gauche, droite, 3 boutons) ne sont pas switchés.

Je n'arrive pas (un peu faute de temps) à tracer les pistes autour du potentiomètre, mais j'imagine qu'il s'agit d'un règlage du volume sonore.

Ce qui m'étonne:
- il ne semble y avoir que 8 lignes de switchées alors que les composants présents sur la carte auraient permis d'en switcher 12. Peut-être ont-ils fait cela pour que le routage de la PCB soit plus simple.
- Le strap qui est relié au Start du 2ème joueur alors que ta carte ne semble pas avoir de piste coupée pour ce contrôle. Ceci dit, il est au pire redondant.

Bon jeu à vous deux!